Jest to drewniany budynek z bala, piętrowy na podmurówce, z wejściem i gankiem arkadowym na osi fasady, nakryty wysokim, unikalnym dachem krytym gontem. Nad częścią środkową budynku jest czterospadowy z krótką kalenicą, nad częściami bocznymi trójspadowy o połaciach ugiętych nad wydatnym okapem.

Architektura celnicy nawiązuje do tzw. stylu dworkowego, popularnego w Polsce lat 20. ubiegłego wieku. Z podobnych budynków usytuowanych niegdyś na południowych i wschodnich granicach II Rzeczypospolitej zachował się jeszcze dom w Kacwinie. Celnica niedzicka jest więc unikalnym zabytkiem, który świadczy o tym, jak w przedwojennej Polsce z pietyzmem dbano o estetykę budynków państwowych. Uratowana i z pietyzmem odtworzona celnica usytuowana jest w rozległym parku na terenach dawnego folwarku, oddalonego ok. 200 m od zamku. Jej wnętrza zostały znacząco zmodyfikowane, tak by można było w nich urządzić pokoje gościnne, które są chętnie wynajmowane ze względu na ich wygodę, spokój i malowniczość otaczającego ogrodu.

Obecnie zarządza nim Stowarzyszenie Historyków Sztuki w Niedzicy.