Wiadomo, że do 1866 r. nad ołtarzem głównym był wyryty napis dotyczący renowacji kościoła w 1542 r. Pod koniec XVI w. kościół był remontowany i przebudowany w stylu renesansowym – okna ostrołukowe zastąpiono wówczas prostokątnymi. W okresie baroku, świątynię wyposażono w nowe ołtarze. 11 czerwca 1790 roku biskup Ignacy Krasicki nadał świątyni dwa nowe tytuły: świętego Jana Ewangelisty i świętych Apostołów Piotra i Pawła. W latach 1866-1868 wzmocniono fundamenty oraz dobudowano 6 nowych zewnętrznych przypór. Rozebrano wówczas również kostnicę przykościelną i dwie stare kruchty. Objawienia Matki Boskiej w 1877 r. sprawiły, że Gietrzwałd stał się znanym i odwiedzanym sanktuarium. Spowodowało to konieczność rozbudowy w 1884 r. części prezbiterialnej wg projektu arch. Guldenpfenninga. W ołtarzu głównym neogotyckim wykonanym przez warsztat stolarski Józefa Lorkowskiego z Gietrzwałdu na pocz. XX w. znajduje się słynący łaskami obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem z 1505 r. Obraz przedstawia Matkę Boską w półpostaci, okrytą ciemnoniebieskim płaszczem, trzymająca na lewym ręku Dzieciątko w czerwonej sukience.