Niedługo wcześniej nastąpiła lokacja wsi na prawie niemieckim. Zapewne również wtedy powstał tu pierwszy kościół, którego istnienie poświadczają jednak dopiero dokumenty z II poł. XVI w., przekazujące informację, że parafia w Bąkowicach erygowana została w 1378 r.

Średniowieczna budowla została rozebrana w roku 1581, a w ciągu kolejnego roku miejscowa gmina ewangelicka wzniosła na jej miejscu nowy, drewniany kościół. Najcenniejszym zabytkiem ruchomym, który można zobaczyć w kościele jest gotycka pieta, pochodząca z I poł. XIV w. Najprawdopodobniej pochodzi ona z pierwszego tutejszego obiektu, drewnianej świątyni rozebranej w 1581 r.

Istniejący do dziś kościół nosi wezwanie św. Anny. Jest to postać niewystępująca w Nowym Testamencie, znana jedynie z pism apokryficznych. Według Protoewangelii Jakuba i Ewangelii Pseudo-Mateusza żyjąca w latach 64 p. n. e. - 16 n. e. św. Anna była żoną Joachima, z którym miała jedno dziecko – córkę Maryję. W ten sposób była babką Chrystusa, zmarła gdy miał on ok. 20 lat.

Kościół w Bąkowicach wybudowano w latach 1837-39 w miejscu zniszczonej przez pożar drewnianej świątyni. Mistrz murarski Hasenwinkel z Namysłowa postawił obiekt murowany, jednonawowy, z półkoliście zamkniętym prezbiterium. W 1869 r. od zachodu dobudowana została kwadratowa wieża. Z roku 1914 pochodzi kaplica, którą zlokalizowano przy południowej ścianie kościelnej wieży. Wnętrza odnawiano w 1934 i 1957 r.

Kościół stanowi obecnie centrum rzymskokatolickiej parafii p. w. św. Anny w Bąkowicach, której proboszczem jest od 2008 r. ks. mgr Andrzej Jaremko. Do parafii przynależą także kaplice mszalne w Goli (Miłosierdzia Bożego) i w Roszkowicach (pow. brzeski, św. Józefa). W niedziele odprawiane są cztery msze – o 7:30, 9:00, 10:30 i 12, a w dni powszednie o godzinie 17.