Od swojego początku kościół pełnił rolę świątyni protestanckiej. W 1844 roku miejscowi ewangelicy rozebrali XVI-wieczną budowlę i na jej miejscu zbudowali nowy kościół, który możemy zobaczyć na przedwojennych pocztówkach. Ewangelicka świątynia przetrwała jednak tylko sto lat.

W maju 1945 roku kościół spłonął, podpalony przez okupujących okolicę żołnierzy radzieckich. Wieś została przekazana administracji polskiej 7 lipca 1945 r., tak jak cały ówczesny powiat oleśnicki. Wówczas zaczęła napływać do Ligoty Książęcej ludność polska, przybywająca w znaczącej części z przedwojennego województwa stanisławowskiego. Tutaj, a także do sąsiednich Mikowicach i Brzozowcu osiedlili się mieszkańcy Otyni.

Przywieźli oni ze sobą niemal całe wyposażenie kościelne, z uznawanym za cudowny obrazem Matki Boskiej Otyńskiej. Dopiero w latach 1956-57 udało się odbudować obiekt i uczynić z niego centrum parafii. Wówczas trafiły do niego sprzęty z kościoła w Otyni, między innymi: XVIII-wieczny ołtarz, ambona, chrzcielnica, dzwon i okazały żyrandol. Obecnie kościół w Ligocie Książęcym pełni również funkcję Sanktuarium Maryjnego, którego serce stanowi cudowny obraz Najświętszej Marii Panny Wniebowziętej przywieziony przez przesiedleńców z Otyni.