Obecny kościół, drugi na tym samym miejscu, wzniesiono w 2. połowie XV w.; datację potwierdzają badania dendrochronologiczne, stwierdzające jednolity czas budowy korpusu wraz z konstrukcją dachową. Budowla średniowieczna była bezwieżowa. Wieżę dobudowano, w odmiennej od korpusu konstrukcji, w 1601, co potwierdza odnaleziony fragment inskrypcji. Do elementów dodanych w XVII w. należą obiegające kościół soboty oraz kruchta południowa.

Badacze zabytków „odkryli” kościół w Dębnie pod koniec XIX w. Gruntowny remont, obejmujący także konserwację malowideł ściennych, nastąpił w latach 1933–1935. Kompleksowe zabiegi konserwatorskie zrealizowano w latach 1958–1963. W r. 1999 kompleksowej analizie naukowej poddano stan zachowania kościoła, ze szczególnym zwróceniem uwagi na stan unikatowej dekoracji malarskiej wnętrza. Kościół w Dębnie jest znakomitym przykładem drewnianej architektury gotyckiej, jednym z najlepiej zachowanych obiektów średniowiecznych. Przetrwał w swej historycznej, niezmienionej od wieków postaci. To jeden z najstarszych drewnianych budynków sakralnych wzniesionych w konstrukcji zrębowej (wieńcowej), niespotykanej na terenie Europy Zachodniej. Istota wartości obiektu tkwi w historycznym i artystycznym, harmonijnym powiązaniu wszystkich elementów: architektury i dzieł sztuk plastycznych. Jednonawowa, orientowana świątynia z wieżą izbicową, stoi na fundamencie z łamanego kamienia. Prezbiterium jest prostokątne, przy nim znajduje się prostokątna, równej długości zakrystia, dostępna tylko z wnętrza kościoła. Szersza nawa jest prostokątna, przy niej od południa niewielka kruchta. Od zachodu przystawiono czworoboczną wieżę. Niemal cały budynek obiegają niskie, oszalowane soboty. Do wnętrza prowadzą dwa wejścia. Portale wejść ujęte sfazowanymi obramieniami: od zachodu i od zakrystii ostrołukowymi, od południa do nawy z nadprożem trójlistnym wklęsłym. Wieżę wzniesiono w konstrukcji słupowo-ramowej, samoistnej; główne narożne słupy nośne są pochylone, usztywnione tzw. krzyżami św. Andrzeja. Kruchta od południa i obiegające zaszalowane soboty wspierają się na konstrukcjach słupowych. Dachy kościoła, zadaszenia i ściany wieży oraz jej hełm pobite są gontem, ściany izbicy wieży oszalowane deskami z ozdobnie wyrzynaną koronką u dołu. Wnętrze z zachowaną pierwotną polichromią oświetlają niewielkie okna. Strop oraz ściany pokrywają malowidła ścienne wykonane przy użyciu patronów na przełomie XV i XVI w. Analiza malowideł pozwoliła na rozróżnienie 77 motywów, występujących w 12 układach. Na belce tęczowej krucyfiks z XIV w., pochodzący zapewne z poprzedniej świątyni. W ołtarzu głównym tryptyk z początku XVI w.; ponadto inne zabytki gotyckie: rzeźby z XV i XVI w. Tabernakulum, ławy i sprzęty z XV-XVI w. Kościół usytuowany jest pośrodku wsi, nad potokiem, otoczony kręgiem starych drzew.