Pomimo czasowych strat, tutejsza społeczność aż do połowy XIX w. zachowywała potencjał rozwojowy. W 1674 r. w mieście mieszkało 32 Żydów (stanowili 18,6% ogółu ludności), w 1808 r. – 521 (56,1%), w 1833 r. – 601 (30,4%), w 1849 r. – 619 (28%), w 1858 r. – 633 (27,7%), w 1885 r. – 501 (19,1%), w 1895 r. – 376 (16,1%), w 1903 r. – 331 (14,7%), w 1907 r. – 219 (40 rodzin), w 1910 r. – 185 (8,6%).

Samodzielność gmina łabiszyńska uzyskała prawdopodobnie w XVIII w., choć nie można wykluczyć jej wcześniejszego rodowodu. Oficjalny statut jako „korporacja żydowska” otrzymała 28 sierpnia 1834 roku. W 1858 r. dysponowała synagogą (powstałą w I połowie XIX w.), bet midraszem, dwoma cmentarzami, szkołą elementarną i rzeźnią. W XIX w. tradycyjne bractwa religijne zyskały formy prawne – Bikur Cholim jako Stowarzyszenie Pielęgnowania Chorych (Verein für Krankenpflege und Leichenbestattung), a pogrzebowe Chewra Kadisza jako Chewra Kadischa Verein.

Wraz z nadejściem panowania pruskiego pod koniec XVIII w. pojawiły się wśród Żydów z Łabiszyna nowe zjawiska kulturowo-religijne. Wiek XIX w. przyniósł coraz silniejszą obecność zwolenników reform. Także akulturacja w ramach języka i kultury niemieckiej stawała się coraz bardziej zauważalna. Instytucjonalno-symbolicznym wyrazem tej ewolucji była zmiana obsady stanowisk rabinackich. Pierwsi rabini byli konserwatywni: piastujący urząd w okresie 1809–1834 Dow Joel Sachs (ur. 1771 w Lesznie), przyjaciel słynnego Akiwy Eigera z Poznania; jego następca rabin Scholem Friedenthal; asesorzy rabinaccy w latach 30. i 40. XIX w. – J. G. Löwenthal i E. Cheim. Funkcję kantora pełnił J. Rosenberg. W tym okresie działał bet midrasz, nie prowadzono kazań w języku niemieckim, nie uchwalono regulaminu synagogalnego, nie pojawił się też chór i konfirmacja. Zmieniło się to pod koniec stulecia, gdy rabinem został przedstawiciel nurtu reformowanego dr Jonas Ansbacher.

W drugiej połowie XIX w. powstały stowarzyszenia żydowskie nowego typu, takie jak Towarzystwo Kobiet Izraelickich (Israelitischer Frauen Verein) oraz Towarzystwo Miłośników Żydowskiej Historii i Literatury (Verein jüdischer Geschichts und Literaturfreunde). Politycznie i kulturowo łabiszyńscy Żydzi ściśle związali się z miejscowymi Niemcami, czego przejawem było m.in. tworzenie wspólnych bloków we władzach miasta.

Zupełną zmianę sytuacji przyniosło odzyskanie niepodległości przez Polskę, które spowodowało masową emigrację tutejszych Żydów. W 1921 r. w Łabiszynie mieszkało jeszcze 85 Żydów (4,7%), w 1922 r. – 39, w początkach 1923 r. – 25 (1,5%), w 1930 r. – 10 (0,4%). W 1939 r. pozostała najprawdopodobniej tylko rodzina Josepha Louisa (liczyła od 3 do 5 osób). W okresie międzywojennym granice gminy żydowskiej obejmowały tylko teren miasta Łabiszyn. Według opisu z 5 lutego 1923 r. gminą zarządzał burmistrz, gdyż spośród urzędników pozostał tylko sługa synagogalny. Od czasu do czasu przyjeżdżał rzezak z Szubina. Majątek gminy tworzyły: synagoga (w stanie ruiny) z ogrodem (ul. 11 Stycznia), dom rabina (ul. 11 Stycznia), dom kantora (ul. Sienkiewicza), dom dla sługi synagogalnego z nieczynną łaźnią (ul. Sienkiewicza), ogrodzony cmentarz z kostnicą o powierzchni 1,01 ha (ul. Leśna 3), ½ morgi roli z ogrodem i ogródek warzywny (ul. Witolda). Podjęta w 1930 r. przez władze miejskie próba odkupienia synagogi z przeznaczeniem na salę gimnastyczną zakończyła się niepowodzeniem, gdyż miejscowi Żydzi nie zgodzili się na transakcję. Gmina od 1900 r. posiadała legat złożony przez Aleksandra Lippmana, mieszkającego w Berlinie, w postaci nieruchomości w Bydgoszczy wycenionej w 1930 r. na 8 tys. złotych; właściciel domagał się jego zwrotu. Innym problemem było samowolne wycięcie części drzew przez miejscowych Żydów na cmentarzu żydowskim.

W 1932 r. gmina została zniesiona i włączona w skład gminy żydowskiej w Szubinie. Majątek został przekazany gminie w Szubinie w dniu 10 lipca 1933 r. przez komisarza gminy żydowskiej emerytowanego burmistrza W. Feigela. Powiększona terytorialnie gmina żydowska w Szubinie w 1938 r. dysponowała majątkiem wycenionym na 15 730 zł w ruchomościach i 119 400 zł w nieruchomościach. W latach 30. XX w. do Łabiszyna przestał przyjeżdżać kantor i rzezak z Szubina  ponieważ miejscowi Żydzi „nie opłacali w ogóle składek i żyli bezreligijnie; z uboju nie korzystali”.

Okupacyjne losy łabiszyńskich Żydów są nieznane. Jeśli pozostali w mieście, zapewne zostali aresztowani i zamordowani przez Niemców (np. w obozie w Radzimiu czy Paterku). Budynek synagogi został zburzony na początku II wojny światowej. Ocalało z niej tylko 50 granitowych płyt z posadzki; 10 z nich władze miasta przekazały Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego w celu budowy lapidarium.

Opis

Nowy cmentarz żydowski w Łabiszynie powstał w drugiej połowie XVIII w. albo na przełomie XVIII i XIX wieku. Zlokalizowano go na Arnoldowie, przy drodze do Szubina, na planie wielokąta zbliżonego do półokręgu z prostą podstawą. Obecnie jest to działka 3259/8 przy ul. Leśnej, o powierzchni 1,01 ha. Przed zniszczeniem cmentarz był ogrodzony wysokim ceglanym murem, wzniesionym zapewne w XIX w.; brama wejściowa znajdowała się od strony ulicy Leśnej. Na jego terenie istniał dom przedpogrzebowy. W okresie okupacji niemieckiej podczas II wojny światowej cmentarz został zniszczony przez Niemców; według wspomnień jednego z mieszkańców, macewy posłużyły do wyłożenia części ulicy 11 Stycznia (od śluzy do ul. Parkowej) oraz fragmenty ulicy Poznańskiej (od śluzy do poczty). Istotnie, w trakcie remontu ulicy 11 Stycznia w 2008 r. odnaleziono dwa fragmenty macew z piaskowca. Jeden, dolny fragment zawiera część inskrypcji w języku niemieckim: „z domu Marens zmarła 18.10.1882 w wieku 62 lat”, drugi: „żona Arona Filipsohna”. Cmentarz został upamiętniony tablicą w kształcie macewy z napisem „Cmentarz żydowski w Łabiszynie. Pamięci Żydów tu spoczywających”, umieszczoną z inicjatywy Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego z 2014 roku.