W XVI wieku Żydzi w Bochni mieli już dom modlitwy i cmentarz, który przypuszczalnie znajdował się w okolicy ulic Kowalskiej, Szewskiej, Solnej Góry i Trudnej. W XV wieku stosunki chrześcijańsko-żydowskie stawały się coraz bardziej napięte, dochodziło do konfliktów, aż w końcu w 1605 roku społeczność żydowska została skazana na wygnanie i przeniosła się do Nowego Wiśnicza. Zarówno domy żydowskie, jak i dom modlitwy oraz cmentarz zostały zniszczone. 

Dopiero w 1867 roku władze austriackie anulowały zakaz osiedlania się Żydów w Bochni. Pierwsi Żydzi, którzy zamieszkali tu w tym czasie, pochodzili z Wiśnicza i przez pierwsze kilka lat tam właśnie grzebali swoich zmarłych. W 1872 roku w Wiśniczu wybuchła zaraza, wskutek czego zakazano przewożenia zwłok i podjęto decyzję o założeniu cmentarza w samej Bochni. 18 listopada 1872 roku władze miasta wydały na to oficjalną zgodę. Pod cmentarz wytyczono prostokątną działkę o powierzchni 0,65 hektara na wzgórzu Krzęczków we wschodniej części Bochni i w kolejnym roku odbyły się pierwsze pochówki. Przed cmentarzem, po prawej stronie od bramy wejściowej, wzniesiono dom przedpogrzebowy.

W czasie drugiej wojny światowej dom przedpogrzebowy został zniszczony. Niemcy wywieźli wiele nagrobków, przede wszystkim te najcenniejsze z granitu. Zniszczyli wówczas także mur okalający nekropolię. Na terenie cmentarza odbywały się egzekucje, w wyniku których śmierć poniosło blisko 300 osób z getta bocheńskiego, pochodzących zarówno z Bochni i okolicznych wsi, jak i Nowego Wiśnicza, Krakowa, Brzeska, Krzeszowic, Mielca i Dębicy. Ich ciała złożono w masowym grobie po lewej stronie od wejścia na cmentarz. Na cmentarzu znajdują się również pojedyncze mogiły oraz symboliczne nagrobki osób zamordowanych w czasie wojny. Ostatni pochówek na bocheńskim cmentarzu miał miejsce w czerwcu 1945 roku, gdy pochowano tragicznie zmarłego Samuela Landwirtha.

Obszar cmentarza oddziela od ulicy sad, na którego miejscu przed drugą wojną światową stał dom przedpogrzebowy. Cmentarz graniczy bezpośrednio z działkami domów jednorodzinnych. W latach 50. XX wieku mieszkający po sąsiedzku Leon Gawąd posadził klony, które miały wyznaczać granice cmentarza. Dopiero w latach 80. XX wieku udało się postawić ogrodzenie z metalowej siatki z furtą zamykaną na klucz. Na furcie zawisły tabliczki informacyjne po polsku i hebrajsku.

W latach 60. XX wieku na cmentarzu wzniesiono pomnik upamiętniający Żydów z okolicy Bochni i Wiśnicza pomordowanych w latach 1939–1945, do którego budowy użyto zniszczonych macew. Pomnik ufundowali Mendel Reichberg, Abusch i Josef Hirsch.

Na terenie cmentarza odnaleziono około 700 macew – najstarsze znajdują się w jego północnej części. Większość z nich wykonano z piaskowca, najcenniejsze stare macewy z granitu zostały zrabowane przez Niemców. Należy podkreślić, że większość nagrobków jest w dobrym stanie, nie ma tam w zasadzie przewróconych tablic. W miejscach, gdzie na skutek grabieży w czasie drugiej wojny światowej pozostały same tumby, dorobiono gładkie macewy bez inskrypcji. Dzięki wieloletniej trosce Leona Gawąda stare nagrobki były odnawiane, a na części z nich uczniowie liceum plastycznego z Nowego Wiśnicza poprawili inskrypcje. Na cmentarzu znajdują się również nagrobki w gorszym stanie, ale zostały one zniszczone przez złamane gałęzie czy drzewa lub na ich stan wpływ miał upływ czasu (erozja).

Przy wejściu na cmentarz zachował się nagrobek rabina i cadyka Aszera Majera Halberstama, potomka Chaima Halberstama, twórcy dynastii chasydzkiej Sanz z Nowego Sącza. Pierwotnie nad tym grobem stał ohel, został on jednak zniszczony w czasie drugiej wojny światowej, ocalały jedynie fragmenty fundamentów. Do grobu cadyka Halberstama corocznie pielgrzymują chasydzi z całego świata. Obok nagrobka rabina po wojnie wzniesiono pomniki upamiętniające jego żonę, córkę oraz wnuczkę, które zostały zamordowane w czasie wojny.

Na terenie nekropolii znajduje się cmentarz wojenny o numerze 313, na którym spoczywają żołnierze wyznania mojżeszowego polegli w czasie pierwszej wojny światowej. Ustawiono tam 28 jednakowych macew z gwiazdą Dawida. W pierwszym szeregu znajduje się ich 20, w drugim 8 z dużą macewą pośrodku, na której w latach 90. XX wieku umieszczono tablicę z inskrypcjami w języku polskim i hebrajskim ufundowaną przez rabina Mendla Reichberga i jego synów.

Przez kilka dziesięcioleci po drugiej wojnie światowej cmentarzem troskliwie opiekował się Leon Gawąd, który jeszcze przed wojną kosił na nim trawę. Dzięki jego pracy cmentarz w Bochni należy do najlepiej utrzymanych żydowskich nekropolii w Małopolsce. W 1989 roku cmentarz został wpisany do rejestru zabytków pod nr A-326 z dn. 13.12.1989. W tym samym roku Iwona Zawidzka z Muzeum im. Stanisława Fischera w Bochni przeprowadziła inwentaryzację bocheńskiego cmentarza i na podstawie swoich badań opublikowała opracowanie Miejsce święte dla wszystkich żyjących, czyli rzecz o cmentarzu żydowskim w Bochni.

Od 2012 roku klucz do bramy cmentarnej znajduje się w Muzeum im. S. Fischera w Bochni.

Właściciel praw autorskich do opisu: Muzeum Historii Żydów Polskich POLIN