Żydowscy mieszkańcy Baligrodu przez ponad 100 lat podlegali gminie w Lesku i tam prawdopodobnie chowali swoich zmarłych. Dopiero uniezależnienie się od gminy leskiej doprowadziło do wybudowania synagogi oraz wytyczenia cmentarza w Baligrodzie. Gmina baligrodzka obejmowała poza samym miastem jeszcze kilkanaście okolicznych wsi. 

Początki cmentarza żydowskiego w Baligrodzie sięgają pierwszej połowy XVIII wieku. Nekropolia została ulokowana około 150 metrów na północny-zachód od rynku, na zboczu wzgórza. Nie jest pewne, jaką powierzchnię miała pierwotnie i czy z biegiem czasu była powiększana o kolejne działki. Nie dysponujemy informacjami na temat ogrodzenia przed drugą wojną światową. Obecnie powierzchnia cmentarza obejmuje około 0,95 hektara. Jego granice nie są widoczne, od południa i wschodu wyznaczają je ulice.

Na podstawie analizy zachowanych nagrobków można stwierdzić, że najwcześniej zaczęto chować zmarłych w najniżej położonej części nekropolii. Tam właśnie znajdują się macewy z pierwszej połowy XVIII wieku. Najstarszą spośród nich jest macewa wystawiona dla Aarona, syna Izraela, zmarłego w dniu 3 listopada 1731 roku. Wcześniej badacze podawali, że stały tam również nagrobki z lat 1716 lub 1718, jednak obecnie nie można już ich znaleźć.

Cmentarz był wykorzystywany, jako miejsce pochówku do czasów drugiej wojny światowej, prawdopodobnie do lata 1942 roku. Wiadomo, że w czasie okupacji wiele nagrobków zostało użytych przez Niemców do wybrukowania rynku. Później zalano je warstwą asfaltu i tkwią tam po dziś dzień. Latem 1942 roku wywieziono miejscowych Żydów do obozu w Zasławiu, a na terenie cmentarza wykonywano jeszcze egzekucje i grzebano ukrywających się w okolicy Żydów oraz Polaków, którzy im pomagali.

Po zakończeniu drugiej wojny światowej cmentarz dalej był niszczony. Jego powierzchnia zarastała zielenią, a nagrobki rozkradano i następnie używano do budowy murków oraz utwardzania podwórek i dróg. 

W 1990 roku decyzją Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Krośnie cmentarz został wpisany do rejestru zabytków pod nr A-194 z dn. 30.03.1990. 

Na początku XXI wieku stan cmentarza zaczął się poprawiać. Opiekę nad nim przejęła Fundacja Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego (FODŻ). W ramach prowadzonego w latach 2005–2006 przez FODŻ programu „Przywróćmy pamięć” w sprzątanie cmentarza zaangażowali się uczniowie z gimnazjum w Mchawie. W kolejnych latach, 2006–2010, porządkowaniem cmentarza zajmowało się Stowarzyszenie Magurycz ze wsparciem gminy Baligród, Ochotniczej Straży Pożarnej i Nadleśnictwa Baligród. 

Każdego roku na cmentarzu niezbędne jest porządkowanie rozrastającej się roślinności, a niszczejące pod wpływem erozji macewy wymagają konserwacji. Obecnie na nieogrodzonej powierzchni cmentarza znajduje się około 150 nagrobków, a także 100 fragmentów macew. W większości są to macewy wykonane z piaskowca, chociaż zdarzają się też wapienne, co stanowi rzadkość na tym terenie. Poza tradycyjnymi macewami zachował się też nagrobek w formie tumby z pierwszej połowy XVIII wieku. 

Właściciel praw autorskich do opisu: Muzeum Historii Żydów Polskich POLIN