Katedra jest najważniejszą polską nekropolią, jedną z najciekawszych w Europie. Nagrobki monarchów mają ogromną wartość. Uwagę przyciągają zwłaszcza gotyckie, wśród nich najstarszy (z drugiej ćwierci XV w.), Władysława Łokietka. Grobowiec Kazimierza Wielkiego (ok. 1370–1382) jest dziełem artystów z kręgu węgierskiego, gdyż fundatorem okazałej tumby był Ludwik Węgierski (choć niektórzy doszukują się podobieństwa do grobu cesarza Rudolfa IV w katedrze św. Szczepana w Wiedniu). Nagrobek Władysława Jagiełły (z drugiej ćwierci XV w.) wykazuje cechy stylowe pozwalające kojarzyć go z kręgiem artystów włoskich. Marmurowe filary podtrzymują renesansowy baldachim ufundowany przez Zygmunta Starego. Zachowała się też płyta nagrobna Sońki (zm. 1461), czwartej żony Władysława Jagiełły, ufundowana przez Kazimierza Jagiellończyka. Ze względów artystycznych największe wrażenie wywiera sarkofag Kazimierza Jagiellończyka, dzieło Wita Stwosza (przy współpracy Jorga Hubera z Passawy) z 1492, ustawione w kaplicy Świętokrzyskiej. Inne formy mają nagrobki renesansowe i manierystyczne, z których najstarszy – Jana Olbrachta – jest autorstwa Franciszka Florentczyka (1502–1505). XVI wiek przyniósł katedrze imponujące mauzoleum ostatnich Jagiellonów, które przetrwało do dziś w swym pierwotnym, doskonałym kształcie. Kaplica Zygmuntowska uchodzi za najwspanialsze dzieło architektury renesansowej w Europie Środkowej. Bezpośrednią przyczyną fundacji kaplicy była śmierć pierwszej żony Zygmunta I, Barbary. Nagrobek Zygmunta Augusta i wizerunek Anny Jagiellonki wykonał Santi Gucci (1574–1575), autorstwo pomnika Zygmunta I nie jest ostatecznie ustalone (prawdopodobnie twórcą był w latach 1529–1531 Berrecci, choć niektórzy widzą tu dłuto Giovanniego Padovano). Manierystyczny nagrobek Stefana Batorego z 1595 w kaplicy Mariackiej, choć król nie chciał leżeć na Wawelu, lecz w ukochanym Grodnie. Późnobarokowe nagrobki Michała Korybuta Wiśniowieckiego i Jana III Sobieskiego oraz ich żon (według projektu F. Placidiego, wykonane przez Mrowińskiego w latach 1753–1760), zawierają płaskorzeźbione portrety zmarłych oraz postacie alegoryczne. Na wprost wejścia do kaplicy Zygmuntowskiej uwagę zwraca piękny w swej prostocie sarkofag św. Jadwigi królowej, wykonany w 1902. Członkom dynastii Wazów poświęcono jedynie epitafia w ich kaplicy grobowej, którą wystawili na wzór kaplicy Zygmuntowskiej. Podkreślić trzeba, że nowsze nagrobki w katedrze wawelskiej są tylko pomnikami. Szczątki królów (od Zygmunta I Starego począwszy) i ich najbliższych składano w podziemnych kryptach katedry. W XIX w. połączono je korytarzami, wytyczając szlak pozwalający na niezwykłą wędrówkę w czasie. Do grobów królewskich wchodzi się przez kryptę św. Leonarda, która pamięta czasy Władysława Hermana. Znajdują się tu sarkofagi m.in.: Jana III Sobieskiego i Michała Korybuta Wiśniowieckiego. Sarkofag Wiśniowieckiego jest nowy. Ufundował go w 1851 cesarz austriacki Franciszek Józef, bo stary był już w katastrofalnym stanie. Wśród stojących swobodnie w podziemiach królewskich trumien szczególnie misterne są te, w których spoczywają Władysław IV i jego żona Cecylia Renata. Wiele trumien, m.in. Zygmunta II Augusta, Anny Jagiellonki, Zygmunta III Wazy, wyszło spod ręki najlepszych rzemieślników. Trumnę Zygmunta III Wazy zdobią nie tylko herbowe kartusze, ale także sceny historyczne z lat jego panowania. Kamienny sarkofag Jana Kazimierza ufundował biskup Andrzej Trzebicki w 1675, gdy sprowadzono prochy władcy zmarłego na dobrowolnym wygnaniu we Francji.

Kościół franciszkanów (z XIII w.), ufundowany przez Bolesława Wstydliwego), można ogarnąć wzrokiem, stojąc pośrodku transeptu. Wtedy najlepiej widać młodopolskie polichromie (1895) i poruszające witraże zaprojektowane w 1904 przez S. Wyspiańskiego (nad chórem słynny „Bóg Ojciec – Stań się”). Boczne kaplice i klasztorne krużganki wypełnione są dziełami starego malarstwa (świetny portret biskupa Piotra Tomickiego pędzla Stanisława Samostrzelnika), rzeźbami i epitafiami, a skarbiec – dawnym złotnictwem. Książę Bolesław Wstydliwy został pochowany w kościele franciszkanów w Krakowie. Zachował się kamień grobowy z napisem: Anno Domini MCCLXX obiit ilustrissimus princeps et dnus, Vladislaus dictus pius dux Cracov. Nie jest on wprawdzie autentykiem, ale fakt pochówku jest niepodważalny. Czas zatarł w pamięci wspomnienie, że to właśnie tu Władysław Łokietek pochował swych młodo zmarłych synów: Stefana (zm. 1306) i Władysława (zm. 1312). W tym też klasztorze spoczęły: bł. Salomea (siostra Bolesława Wstydliwego), Aleksandra (siostra Jagiełły, żona księcia mazowieckiego Siemowita IV) i Eufrozyna (żona księcia oświęcimskiego Władysława).

Kościół Dominikanów pw. Świętej Trójcy (z XII w.) należy do grupy krakowskich bazylik gotyckich, wzniesionych z cegły z użyciem ciosów wapiennych. Do długiego i wysokiego prezbiterium o wielobocznym zamknięciu dostawiony jest bazylikowy korpus, pozbawiony transeptu i wież. Kościół wprawdzie mocno ucierpiał w czasie pożaru w 1850, ale szczęśliwie ocalała kaplica św. Jacka z relikwiami patrona zgromadzenia (jedno z najdoskonalszych dzieł architektury w Polsce, pochodzące z XVI w.), krużganki, historyczne płótna pędzla T. Dolabelli oraz płyta z brązu upamiętniająca Kallimacha (zm. 1496) – dzieło Wita Stwosza. Warte uwagi są kaplice: Myszkowskich, Różańcowa i Lubomirskich. Księcia Leszka Czarnego pochowano na lewo od ołtarza głównego, „które miejsce za życia sobie był obrał”.

Miejsce spoczynku syna Kazimierza Odnowiciela, Bolesława Szczodrego (Śmiałego), budzi wiele wątpliwości – badacze wskazywali na benedyktyńskie opactwo w karynckim Osjaku lub dom tego zakonu w podkrakowskim Tyńcu. Wersja o pogrzebie na obczyźnie ma długą, sięgającą XV w. tradycję. Opowiadali się za nią i Jan Dąbrówka, i Długosz (choć ten wskazywał klasztor benedyktyński w Wilten); uświęciła go narodowa tradycja i wiele wieków pielgrzymek rodaków, wśród których byli uczeni i podróżnicy. Wszyscy oni oglądali nagrobek z płaskorzeźbą konia i napisem: „REX BOLESLAUS POLONIAE OCCISOR SANCTI STANISLAI OBIIT ANNO 1089”. Niestety, sugestywna legenda upadła po badaniach archeologicznych przeprowadzonych w połowie XX w., gdy okazało się, że w domniemanym grobie wygnanego monarchy leży żona fundatora osjackiego opactwa. Rychło pojawiła się hipoteza wskazująca na wspaniałe opactwo benedyktyńskie w Tyńcu. Podziwia się go zwykle od strony Wisły. Na wyniosłej jurajskiej wychodni przełomu rzeki przez Bramę Krakowską wznosi się zespół budynków z dwuwieżowym kościołem i nieregularnym obrysem murów. Fundację Tyńca wiąże się z osobą Kazimierza Odnowiciela (1044). O rozmachu przedsięwzięcia świadczą zachowane relikty architektury romańskiej. Śladem, który naprowadził uczonych na domniemany pochówek króla, był grób odkryty pośrodku kościoła świętych Piotra i Pawła. Znaleziono w nim resztki solidnej trumny (choć w tym czasie zmarłych chowano, zawijając jedynie w tkaninę). Pozwoliło to przypuszczać, że ciało tej ważnej, w honorowym miejscu pogrzebanej osoby przywieziono z daleka. Może z któregoś benedyktyńskich klasztorów na Węgrzech czy w Austrii, gdzie wygnany król pokutował za śmierć niepokornego biskupa? Inną zagadką Tyńca jest wzmianka o śmierci w 1118 mnicha tynieckiego, „brata Zbigniewa”, w którym badacze dopatrują się tragicznie doświadczanego przez los brata Bolesława Krzywoustego. Powrót do centrum autobusem 112 (do Ronda Grunwaldzkiego)