Najstarsza wzmianka w dokumentach na temat Żydów w Knyszynie pochodzi z roku 1605. Mieszkający w mieście Żydzi podlegali kahałowi w Tykocinie i tam też chowali swoich zmarłych. Rozwój społeczności żydowskiej w Knyszynie zaburzył przywilej de non tolerandis Judaeis, o który w 1672 roku wystarali się miejscowi mieszczanie z obawy przed konkurencją Żydów w rzemiośle i handlu. 

Żydzi osiedli poza miastem, na terenie królewszczyzny, tworząc w ten sposób własną dzielnicę nazwaną Ogrodniki. Początkowo było to kilka rodzin, a pod koniec XVIII wieku liczba społeczności żydowskiej wzrosła do 200 osób. Mniej więcej około 1705 roku Żydzi zaczęli wykorzystywać, jako miejsce pochówku teren po dawnych sadzawkach królewskich, znajdujący się na północ od drogi na Chraboły.

W XVIII wieku złagodzono ograniczenia żydowskiego osadnictwa w mieście i liczba Żydów mieszkających w Knyszynie zaczęła wzrastać. W 1807 roku odnotowano obecność 308 Żydów, a w 1879 — już 1878.

Na początku XX wieku liczba żydowskich mieszkańców Knyszyna spadła. W 1921 roku było ich 1235. W tym czasie jednak na terenie cmentarza zaczęło już brakować miejsca na nowe pochówki. Około 1925 roku gmina knyszyńska zaczęła szukać terenu pod nowy cmentarz. Początkowo wybrano obszar na Górze Królowej Bony, ale chrześcijańscy mieszkańcy miasta nie zgodzili się na to. Gmina postanowiła, więc powiększyć stary cmentarz o sąsiadującą od południowo-wschodniej strony działkę. Powstał jeden kompleks grzebalny z wyróżniającą się częścią starszą ulokowaną na groblach i zagłębieniach po stawach, gdzie grzebano zmarłych bez jakiegoś porządku (brak alejek, podziału na kwatery męskie i kobiece czy kwatery osób zasłużonych). Część nowsza była już lepiej rozplanowana, z wytyczonymi rzędami nagrobków. Przed 1939 rokiem przy nekropolii stał budynek pełniący funkcje domu przedpogrzebowego lub mieszkania dozorcy.

Cmentarz pełnił funkcje grzebalne do drugiej wojny światowej. W listopadzie 1942 roku podczas likwidacji knyszyńskiego getta Niemcy zamordowali w mieście 74 osoby. Już po wywózce Żydów mieszkańcy pochowali ich ciała w zbiorowej mogile na cmentarzu. W 2012 roku umieszczono na niej kamień z tablicą memoratywną, która wisiała wcześniej na budynku Urzędu Gminy.

W czasie drugiej wojny światowej rozpoczął się proces dewastacji cmentarza. W kolejnych latach znikały z niego, co cenniejsze płyty nagrobne. W 1990 roku Wojewódzki Konserwator Zabytków w Białymstoku zlecił Tomaszowi Wiśniewskiemu, Iwonie Plichcie-Wiśniewskiej i Józefowi Maroszkowi przeprowadzenie inwentaryzacji nagrobków. W starej części cmentarza znaleźli oni 620 macew i 66 przypór, a w nowej — 12 macew i 16 przypór. Najstarszy zidentyfikowany wówczas nagrobek pochodzi z 1794 roku.

Macewy, które zachowały się na cmentarzu, zostały w większości wykonane ze zlepieńca, ale także z piaskowca czy granitu. Niektóre z nich charakteryzują się nietypowym kształtem lub rozmiarem, oryginalnymi zdobieniami i wypukłymi inskrypcjami, niektóre są po prostu nieociosanymi kamieniami polnymi. 

Od początku XXI wieku z inicjatywy Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego we współpracy z lokalnymi instytucjami oraz aktywistami organizowane są prace porządkowe i spotkania młodzieży z Polski i Izraela. W 2011 roku FODŻ ze wsparciem z Funduszu Michaela H. Traisona dla Polski postawiła przy drodze drogowskaz oraz tablicę informacyjną o cmentarzu. 

Nekropolia w Knyszynie zajmująca powierzchnię 3,43 hektara jest jednym z największych tego typu zabytków na Podlasiu. Jej wyjątkowość polega na tym, że cmentarz ten jest świadectwem funkcjonowania prężnej społeczności żydowskiej w Knyszynie, a dzięki jego istnieniu do naszych czasów dotrwały fragmenty dworskich stawów z okresu panowania Zygmunta Augusta. Nekropolia knyszyńska została wpisana do rejestru zabytków pod nr A-629 z dn. 19.11.2019. 

Spis zidentyfikowanych nagrobków z cmentarza jest dostępny na stronie Fundacji Dokumentacji Cmentarzy Żydowskich https://cemetery.jewish.org.pl/list/c_71 [dostęp: 21.09.2020].

Właściciel praw autorskich do opisu: Muzeum Historii Żydów Polskich POLIN