Gruntowna przebudowa szpitala miała miejsce przed połową wieku XV. Jest to budowla gotycko-barokowa, orientowana, otoczona niewielkim cmentarzem od wschodu i murkiem z XVIII wieku. Wzniesiono ją na planie wydłużonego prostokąta, w układzie trójnawowym, bazylikowym. Jest to budowla murowana z cegły i otynkowana. Po stronie wschodniej znajduje się kaplica złączona szeroką półkolistą arkadą z nawą główną. Pod zachodnią częścią szpitala znajduje się zespół piwnic sklepionych ostrołukowymi kolebkami z około połowy XIV wieku. Wzdłuż nawy głównej biegnie dwanaście niskich cel dla chorych oraz pomieszczenia jadalni, kuchni i apteki, otwarte arkadami do głównej sali i połączone między sobą. Wnętrze przykryto pozornym (drewnianym) sklepieniem kolebkowym. W zakrystii i dawnych celach znajdują się sufity. W elewacjach zewnętrznych zastosowano profilowany gzyms podokapowy i okna zamknięte łukiem odcinkowym. W fasadzie zachodniej znajduje się kamienny portal o półkoliście sklepionym wejściu, ujęty pilastrami dźwigającymi uproszczone belkowanie i trójkątny przyczółek. Całość przykryto dachem dwuspadowym z dachówki. Nad rzędami cel założono dachy pulpitowe. Na kalenicy szpitala umieszczona została ośmioboczna wieżyczka na sygnaturkę z 1742 roku, z latarnią i hełmem cebulastym, obita blachą. Otoczony ogrodem ziołowym. Fundatorem budowy był kanonik warmińskiej kapituły katedralnej Arnold von Datteln. Korpus szpitala sprawia wrażenie budowli sakralnej. Usytuowana na osi szpitala kaplica jeszcze je potęguje, gdyż przypomina prezbiterium. Zasadniczą część szpitala tworzyła sala pośrodku budowli. Pełniła kiedyś funkcję jadalni, infirmerii i miejsca wspólnych modłów. Hospitaliści zajmowali dwanaście cel, usytuowanych po jej obu stronach. Skromne detale architektoniczne na elewacjach pochodzą głównie z końca XVII wieku. Obecnie jest to jedyny taki w Polsce dawny szpital, który pełni rolę muzeum historii medycyny. Zgromadzono tu bogate zbiory zabytków i dzieł sztuki prezentujących nowożytną anatomię, położnictwo, chirurgię i aptekarstwo. W Szpitalu można zobaczyć między innymi rzadkie starodruki medyczne, zabytkowe protezy, interesujące narzędzia chirurgiczne, niezwykle cenne aptekarskie naczynia - w tym pięknie malowane majolikowe dzbany i albarella z Italii i Holandii.